یکی از موضوعات اصلی و محل مناقشه در نظام سلامت و به‌ویژه با توجه به اجرای طرح تحول، موضوع درآمد پزشکان و تیم درمانی است. جدا از بحث میزان پرداختی، روش تعیین این پرداخت مالی به تیم درمانی حائز اهمیت است. روش‌های پرداخت در نظام سلامت از عوامل تاثیرگذار در رفتار ارائه‌کنندگان خدمات و بالطبع کیفیت خدمات هست. کشورهای مختلف از روش‌های پرداخت متفاوتی در نظام سلامت خود بهره می‌برند. هرکدام از روش‌های پرداخت مزایا و معایبی دارد.

رئیس هیات مدیره نظام پزشکی سمنان با اشاره به این که جهت گیری مسئولین تعرفه گذار بر اساس میزان منابع بوده نه واقعی شدن تعرفه ها، گفت: این روند منجر به بزرگتر شدن شکاف تعرفه واقعی با تعرفه مصوب سالیانه شده که به راحتی قابل ترمیم نیست.